You are here

ERGEBNISPROTOKOLL des Workshops "Aufbau des deutschen GBIF-Netzwerkes - Teilknoten Mikrobiologie"

Error message

  • Notice: Undefined index: granularity in date_granularity() (line 347 of /var/aegir/platforms/drupal-7/sites/all/modules/date/date.module).
  • Notice: Undefined index: tz_handling in date_formatter_process() (line 231 of /var/aegir/platforms/drupal-7/sites/all/modules/date/date.module).
  • Notice: Undefined index: tz_handling in date_formatter_process() (line 233 of /var/aegir/platforms/drupal-7/sites/all/modules/date/date.module).
  • Notice: Undefined index: todate in date_process_values() (line 358 of /var/aegir/platforms/drupal-7/sites/all/modules/date/date.module).
  • Notice: Undefined index: granularity in date_formatter_process() (line 250 of /var/aegir/platforms/drupal-7/sites/all/modules/date/date.module).
  • Warning: date_format(): The DateTime object has not been correctly initialized by its constructor in date_formatter_process() (line 254 of /var/aegir/platforms/drupal-7/sites/all/modules/date/date.module).
  • Warning: date_timezone_set(): The DateTime object has not been correctly initialized by its constructor in date_formatter_process() (line 256 of /var/aegir/platforms/drupal-7/sites/all/modules/date/date.module).
  • Warning: date_format(): The DateTime object has not been correctly initialized by its constructor in date_formatter_process() (line 258 of /var/aegir/platforms/drupal-7/sites/all/modules/date/date.module).
  • Warning: date_offset_get(): The DateTime object has not been correctly initialized by its constructor in date_formatter_process() (line 260 of /var/aegir/platforms/drupal-7/sites/all/modules/date/date.module).
  • Warning: DateTime::format(): The DateTime object has not been correctly initialized by its constructor in DateObject->format() (line 392 of /var/aegir/platforms/drupal-7/sites/all/modules/date/date_api/date_api.module).
  • Notice: Undefined index: granularity in date_all_day_field() (line 184 of /var/aegir/platforms/drupal-7/sites/all/modules/date/date_all_day/date_all_day.module).
  • Notice: Undefined index: granularity in theme_date_all_day() (line 136 of /var/aegir/platforms/drupal-7/sites/all/modules/date/date_all_day/date_all_day.module).
  • Notice: Undefined index: granularity in theme_date_all_day() (line 136 of /var/aegir/platforms/drupal-7/sites/all/modules/date/date_all_day/date_all_day.module).
  • Notice: Undefined index: granularity in theme_date_display_combination() (line 79 of /var/aegir/platforms/drupal-7/sites/all/modules/date/date.theme).
  • Warning: array_intersect(): Argument #2 is not an array in date_granularity_sorted() (line 1554 of /var/aegir/platforms/drupal-7/sites/all/modules/date/date_api/date_api.module).
  • Warning: array_pop() expects parameter 1 to be array, null given in date_granularity_precision() (line 1601 of /var/aegir/platforms/drupal-7/sites/all/modules/date/date_api/date_api.module).
  • Notice: Undefined index: granularity in theme_date_display_combination() (line 152 of /var/aegir/platforms/drupal-7/sites/all/modules/date/date.theme).

Ort: DSMZ, Mascheroder Weg 1b, 38124 Braunschweig

Zeit: Montag, 02.04.2001, 13:00 - 17:00 Uhr

Teilnehmer: Dr. Ursula Monnerjahn (ZADI - Zentralstelle für Agrardokumentation und -information, Bonn), Dr. Lothar Quintern (Deutsches Zentrum für Luft- und Raumfahrt e.V. Projektträger des BMBF, Bonn), Dr. Sonja Selenska-Pobell (Forschungszentrum Rossendorf e.V., Dresden), Dr. Eva Spiek (Universität Hamburg Institut für Allgemeine Botanik und Botanischer Garten, Hamburg), Prof. Dr. Helmut Tschäpe (Robert-Koch-Institut, Werningerode), Prof. Dr. Friedrich Widdel (MPI für Marine Mikrobiologie, Bremen). DSMZ-Vertreter: Dr. Dagmar Fritze, Dr. Manfred Kracht, Prof. Dr. Erko Stackebrandt

Begrüßung und Einführung in die Ziele des Workshops

(1) Herr Prof. Stackebrandt begrüßte die Gäste, dankte für die Bereitschaft zur Kooperation und führte kurz in die Ziele des Workshops ein.

(2) Herr Dr. Quintern stellte die Hintergründe, die Ziele und den erreichten Status von GBIF vor. Die Regierungen der unterzeichnenden Länder verpflichten sich, den Aufbau einer internationalen, dezentralen, vernetzen Datenbank für systematische Biodiversitätsdaten zu fördern. Z. Zt. haben 14 zahlende, und damit stimmberechtigte Länder, sowie eine Reihe anderer Länder und kooperierender Organisationen unterzeichnet. Von vier Ländern (Australien, Spanien, Niederlande, Dänemark) liegen Angebote vor, den Sitz des Sekretariats zu übernehmen. Die diesbezügliche Entscheidung soll auf der zweiten Sitzung des Governing Board (GB) am 15-17 Juni in Bonn fallen. Herr Dr. Häuser ist Vorsitzender des GB. Die Sekretariatsarbeit soll Ende 2001 beginnen. Die Vorgehensweise für den Aufbau von GBIF setzt zunächst eine Strukturierung voraus (wie z. Zt. geplant 7+1 nationale Knoten), die dann von einer Bestandsaufnahme und Prioritätensetzung gefolgt wird. Neben dem BMBF, das die Anfangsphase der nationalen Etablierung von GBIF finanziell unterstützt, sind auch BMU und BMVEL an dem Projekt GBIF interessiert. Das BMU ist für den deutschen Clearing House Mechanism (CHM) zuständig. Vorgesehen ist, dass nach einer mittelfristigen Förderung der nationalen Knoten/Subknoten eine Institutionalisierung der zusätzlichen Aufgaben stattfinden soll. Das BMBF, dessen Vertreter die Bedeutung der Ziele von GBIF als nationale Aufgabe betont, hat diesbezüglich mit den Länderministerien Kontakt aufgenommen.

(3) Über positive Erfahrung mit einem entsprechenden Verfahren, wo eine zunächst BMBF geförderte Maßnahme danach dauerhaft über das BMG finanziert werden konnte, wurde berichtet. Allerdings sollte eine solche Vorgehensweise frühzeitig im Vorfeld geklärt werden.

Bestandsaufnahme und Darstellung des Umfangs der zu erwartenden Digitalisierung von mikrobiologischen Daten und/oder deren Transfer sowie deren on-line Verfügbarmachung

Bestandsaufnahme

(1) Die einzelnen VertreterInnen der Robert-Koch-Institute, der Max-Planck-Institute und des Forschungsinstituts Rossendorf, sowie die Repräsentantin der universitären Sammlungen stellten kurz Inhalt und Umfang der jeweiligen Sammlungen vor. Insbesondere wurde der Zustand der Sammlungen in Bezug auf Vorhandensein von Daten und Digitalisierungsgrad geschildert. Die Mitarbeiterin des ZADI stellte den Stand ihrer bisher zusammengestellten Datenbanken vor.

(2) Zentral organisiert und daher in Bezug auf die zu erwartende Arbeit abschätzbar erwiesen sich die Sammlungen der Robert-Koch-Institute von pathogenen, humanmedizinischen (viral, bakteriell) Erregern (16 Referenzlaboratorien, 30 Konsiliarlabors, ca. 250.000 Stämme, jährlicher Zuwachs ca. 12 - 16.000). Die Daten liegen weitgehend in Datenbanken vor.

(3) Ähnlich abschätzbar sind die Sammlungen der Max-Planck-Institute (marine, limnische und Rhizosphärenmikroorganismen, Sulfatreduzierer, Methanoxidierer, Konsortien) und des Forschungsinstituts Rossendorf (Biotransformation von Metallen, z.B. Organismen aus Uranabfallhalden und Absetzbecken), allerdings sind hier die Arbeiten zur Digitalisierung der Daten noch nicht so weit fortgeschritten.

(4) Dagegen ist die zu erwartende Arbeit bei den Universitätsinstituten noch nicht abschätzbar, da diese nicht zentral organisiert sind. Weder Existenz noch Zustand eventuell vorhandener Sammlungen ist auch nur annähernd bekannt. Aber gerade hier ist zu erwarten, dass wissenschaftlich wertvolle, teilweise einzigartige Spezialsammlungen vorliegen. Der Zustand in Bezug auf bereits erhobene Daten, sowie im Bezug auf den Digitalisierungsgrad dieser Daten wird stark variieren.

(5) Im MGRDEU des BMVEL sind z.Zt. ca. 22.000 Datensätze zu mikrobiologischen Isolaten aus ca. 50 Sammlungen von 9 BFA's zusammengefaßt. Die Datenfelder wurden in Anlehnung von CABRI (EU-Projekt Common Access to Biological Resources and Information) erstellt. Es sind bis zu 33 Felder ausgebbar. Z. Zt. wird auf das Datenbankmanagementsystem ORACLE umgestellt.

(6) Der Aspekt industrielle Sammlungen konnte nur theoretisch erörtert werden, da ein Vertreter der Industrie nicht teilnehmen konnte. Industrielle Sammlungen sind vermutlich relativ groß, auf bestimmte Screenings hin zusammengestellt und mit guten Methoden bearbeitet. Inwieweit systematische Daten vorliegen, und insbesondere ob die Industrie bereit ist, Daten und biologisches Material öffentlich zur Verfügung zu stellen, ist unklar.

Auswahl von Daten

(1) Es wurde empfohlen, nur solche Datensätze zu Organismen zu akzeptieren, in denen die Daten einem noch zu vereinbarenden minimalen Standard entsprechen. Die erforderlichen Daten können je nach Organismengruppe variieren, um diesem Standard zu entsprechen. Das Minimum sollte in jedem Fall systematische Information enthalten, die eine taxonomische Zuordnung erlaubt, zusammen mit der Erwähnung der Methoden, mit denen diese erhalten worden ist.

(2) Hierbei trat die Frage auf, ob im speziellen Einzelfall parallel zu bzw. als Zuarbeit für GBIF auch die Erhebung von Daten finanziert werden kann, um das vorhandene besonders wertvolle, biologische Material dem notwendigen Standard entsprechend zu klassifizieren. Dies wurde als wünschenswert angesehen, aber als wahrscheinlich nicht realisierbar eingeschätzt.

(3) Grundsätzliche Frage war, ob nur Daten zu Organismen in GBIF eingespeist werden sollen, die auch tatsächlich der Öffentlichkeit zur Verfügung stehen. Allgemein wurde die Verfügbarkeit befürwortet, wobei ein für die Mikrobiologie typisches Problem zu klären ist. In Folge des Bekanntwerdens von Daten von interessanten Organismen wird es zu vermehrten Anfragen nach diesem Material kommen. Sammlungen, die personell und strukturell für diese Art von Service nicht ausgestattet sind (Versand, Rechnungstellung, Rekultivierung, Rekonservierung), werden die zu erwartende zusätzliche Arbeit nicht bewältigen können. Die DSMZ erklärte ihre grundsätzliche Bereitschaft, hierbei zu helfen, ist aber nicht in der Lage, komplette Sammlungen in ihren Bestand zu übernehmen.

Transfer von Daten

(1) Die Teilnehmer forderten, dass das Problem der Urheberschaft von Daten und dem dazugehörigen biologischen Material eindeutig geklärt werden sollte und u.U. in jedem Einzelfall schriftlich fixiert werden muss.

(2) Das Problem der Zurverfügungstellung von 'empfindlichen' Daten (Lagerort von hoch pathogenen Arten, Stichwort Bioterrorismus) wurde angesprochen. Es wurde vorgeschlagen, wie z.B. bei Standortdaten von seltenen oder geschützten Pflanzen, Verschlüsselungen von Daten vorzusehen.

(3) Angesprochen wurde auch das Thema gefährdete Sammlungen.

Welchen Kompetenzbereich kann die DSMZ abdecken? Welche anderen deutschen Institutionen wären mit einzubeziehen?

(1) Diskutiert wurde, wo die Trennlinien zwischen Subknoten-Aufgabenbereichen gezogen werden sollten. Die Zusammenlegung der Arbeitsbereiche Mikrobiologie und Mykologie wurde als nicht sinnvoll angesehen. Nicht zuletzt durch den Unterschied lebende/nicht lebende Sammlungsobjekte sind völlig andere Fragestellungen, und damit unterschiedliche Datenbankstrukturen notwendig. Der Schnitt zwischen den beiden Bereichen könnte einerseits systematisch klar zwischen Eu- und Prokaryonten gemacht werden. Andererseits sind die filamentösen Pilze und Hefen technisch der Mikrobiologie zuzurechnen. Auch Protozoen, Algen, Flechten, etc., bzw. theoretisch alles, was nur mikroskopisch erfassbar ist, könnte dazugezählt werden. Da die DSMZ aber großen Wert auf Datenqualität legt (siehe OECD-Projekt Biological Resource Centres), die auch für ein Projekt wie GBIF vorgesehen werden sollte, wurde empfohlen, Daten bevorzugt solcher Organismengruppen zur Verfügung zu stellen, für die eigene Kompetenz vorhanden ist. GBIF-Knoten sollten sich auch als Mittler zwischen Datenlieferern und Datenabfragern verstehen. Damit wären in erster Linie Bakterien, Archaea, und evtl. filametöse Pilze, Hefen und Viren abgedeckt.

(2) Generell wurde festgestellt, dass molekulare Daten von noch nicht in Kultur genommenen Organismen sowie von replizierbaren Genomfragmenten nicht unter den GBIF- Rahmen fallen.

(3) Auf die Frage, welche Institution in Deutschland am ehesten die Aufgabe eines GBIF-Knotens Mikrobiologie übernehmen könnte, wurde von den Teilnehmern übereinstimmend die DSMZ genannt.

Zusammenfassung der Ergebnisse

(1) Das Ausmaß der Erfassung (a) von mikrobiologischen Sammlungen, (b) des Zustands der Sammlungen in Bezug auf vorliegende Daten, digitalisiert und nicht digitalisiert, und (c) in Bezug auf Qualität der Daten ist z. Zt. nur teilweise abschätzbar.

(2) Eine Reihe für mikrobiologische Sammlungen spezifischer Probleme, die eine effiziente Belieferung von GBIF mit Biodiversitätsdaten behindern, wurden auf verschiedenen Ebenen festgestellt: (a) Menge der bisherigen Datenerfassung, (b) Erhalt der Sammlung, und (c) dauerhafte Lebendkonservierung der Organismen. Auf allen drei Gebieten wurden insbesondere bei den Universitätssammlungen erhebliche Defizite festgestellt.

(3) Neben der Bereitstellung von Daten ist im mikrobiologischen Bereich gleichzeitig der Erhalt der betreffenden Sammlung zu sichern. Für die gesteigerte Nachfrage von Proben muss ein entsprechender Service organisiert werden und im Einzelfall, bei besonders wertvollem Material die zusätzliche Erhebung von Daten geplant werden.

(4) Die DSMZ erklärt sich bereit, zunächst die Verantwortung für Datenbanken von Viren, Prokayonten, Hefen und filamentösen Pilzen zu übernehmen. Durch die Vorarbeit von ZADI sind die mikrobiologischen Sammlungen der landwirtschaftlichen Institutionen weitgehend in Datenbanken erfasst und können miteinbezogen werden.

(5) Es wird noch einmal betont, dass nicht nur Typmaterial erfasst werden soll, sondern auch die innerartliche Vielfalt und potentielle neue Arten repräsentiert werden müssen. Nur solche Datensätze zu biologischem Material sollen erfasst werden, für die entsprechende, den Mindestkriterien genügende Daten vorhanden sind. Bestimmte Daten (und das dazugehörige biologische Material) sollten vertraulich gehandhabt werden; es sollten evtl. über 'Material Transfer Agreements' vorab mit dem Empfänger Verwendung und Verbleib geklärt werden. Es bleibt die eigene Entscheidung einer kooperierenden Sammlung, welche Daten zur Verfügung gestellt werden. Welche Daten in welchem Umfang zum Knoten überführt werden können/sollten, sollte mit der jeweiligen Sammlung diskutiert werden.

(6) Prioritätensetzung muss z.T. die akute Gefährdung einer Sammlung berücksichtigen. Es sollten auch Gelder für eine evtl. notwendige Überführung von Sammlungen (eventuell nicht nur an die DSMZ) bereitgehalten werden.

(7) Generell muss an den Universitäten für ein verbessertes Potential an Taxonomen gesorgt werden.

(8) Zu mikrobiologischen Sammlungen in der Industrie wird die DSMZ versuchsweise Kontakt aufnehmen, um auszuloten, inwieweit Interesse besteht, die eigenen Daten in GBIF einzuspeisen.

(9) Die Komplementarität der aufeinander aufbauenden Initiativen und Projekte GBIF, BRC (OECD-Initiative Biological Resource Centres), CABRI (s.o.) und EBRCN (EU-Projekt European Biological Resource Centres Network) wurde noch einmal betont.

(10) Die DSMZ besitzt die Kompetenz, als GBIF Knoten in das deutsche GBIF Netzwerk eingebunden zu werden.

Mehr als eine Milliarde Biodiversitätsdaten in GBIF

06/07/2018 - 13:30

Am 4. Juli 2018 durchbrach GBIF die Schallmauer von einer Milliarde Biodiversitätsdaten.

AnnoSys als Annotationssystem in GBIF integriert

Virtuelles Herbarium Deutschland jetzt online

Das Virtuelle Herbarium Deutschland (http://vh.gbif.de), abgekürzt VH/de, ist ein neues Internet-Portal, das den freien Zugang zu umfangreichen Pflanzensammlungen aus deutschen Herbarien ermöglicht.

BioCASe Provider kann sich nun mit Excel-Dokumenten verbinden

Über den Biological Collection Access Service (BioCASe) werden Millionen Biodiversitätsdaten aus Deutschland an Biodiversitätsnetzwerke geliefert. Neuigkeiten gibt es aus der BioCASe-Entwicklung

Von Fischen bis zu Kleinalgen – kontinuierlicher Datenfluss von der Diversity Workbench zu GBIF

Seit 15 Jahren entwickelt das Datenzentrum am SNSB

 

Subscribe to GBIF-Deutschland News