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Workshop 2003

Workshop des Botanischen Knotens im Rahmen des deutschen Beitrags zur Global Biodiversity Information Facility (GBIF)

Am 11. und 12. März 2003 fand ein Workshop zum Aufbau des Botanischen Knotens mit Vertretern der Teilprojekte und Kompetenzbereiche statt.

 Ergebnisprotokoll

Datum: 11.- 12. März 2003
Ort: Botanischer Garten und Bot. Museum Berlin-Dahlem (BGBM), Königin-Luise-Str. 6-8, 14195 Berlin
Workshopteilnehmer

Teilnehmer (alphabetisch):
W. Ahlmer (Institut für Botanik, Universität Regensburg), W.G. Berendsohn (Freie Universität Berlin, Zentraleinrichtung Botanischer Garten und Botanisches Museum, BGBM), N. Biermann (Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung, IPK Gatersleben), E. Boos (Systax-Datenbankprojekt, Universität Ulm), M. Engels (Institut für Allgemeine Botanik und Botanischer Garten, Universität Hamburg), J. Ewald (FH Weihenstephan), R. Gradstein (Systematische Botanik, Georg August Universität Göttingen), W. Greuter (BGBM, Berlin), A. Hahn (BGBM, Berlin), S. Harrer (Zentralstelle für Agrardokumentation und -information (ZADI), Bonn), J.R. Hoppe (Systematische Botanik und Ökologie, Universität Ulm), R. Jahn (BGBM, Berlin), A. Kirchhoff (BGBM, Berlin), F. Klingenstein (Botanisches Institut und Botanischer Garten, Universität Bonn), H. Knüpffer (IPK Gatersleben), R. May (Bundesamt für Naturschutz (BfN), Bonn), A. Niebel-Lohmann (Institut für Allgemeine Botanik und Botanischer Garten, Universität Hamburg), C. Oberprieler (BGBM, Berlin), K. Pistrick (IPK Gatersleben), H.-H. Poppendieck (Institut für Allgemeine Botanik und Botanischer Garten, Universität Hamburg), U. Schippmann (Bundesamt für Naturschutz (BfN), Bonn), M. Schmull (Abt. Systematische Botanik, Universität Göttingen), H. Schröder (BGBM, Berlin), H. Schubert (FB Biowissenschaften, Universität Rostock), S.Sobek (BGBM, Berlin), A.-D. Stevens (BGBM, Berlin), A. Wörz (Staatliches Museum für Naturkunde, Stuttgart), H.-J. Zündorf (Institut für Spezielle Botanik, Herbarium Haussknecht, Friedrich-Schiller-Universität Jena)

Verhindert:
I. Bartsch (Stiftung Alfred-Wegener-Institut für Polar- und Meeresforschung, Bremerhaven), T. Feuerer (Institut für Allgemeine Botanik und Botanischer Garten, Universität Hamburg), N. Jürgens (Institut für Allgemeine Botanik und Botanischer Garten, Universität Hamburg) vertreten durch Frau Niebel-Lohmann , D. Mollenhauer (Forschungsinstitut Senckenberg), M. Scheuerer (Institut für Botanik, Universität Regensburg) vertreten durch Herrn Ahlmer, T. Stützel (Spezielle Botanik, Ruhr Universität Bochum), vertreten durch Herrn Hoppe.

Protokoll:
A. Kirchhoff und A. Hahn, 26. Mrz. 2003

 

Einführung: GBIF International und GBIF-D

Nach einleitenden Worten von Herrn Greuter gibt W. Berendsohn einen Überblick zur Geschichte und zum gegenwärtigen Stand von GBIF[1] International und GBIF Deutschland. Nach dem offiziellen Start von GBIF am 1. März 2001 wurde das Sekretariat nach einem Wahlverfahren in Kopenhagen / Dänemark etabliert und nahm im Laufe des Jahres 2002 die Arbeit auf. Neben den zahlenden und damit stimmberechtigten Mitgliedern (Länder, s. http://www.gbif.org [1]) sind auch Organisationen und Ökonomien als assoziierte Teilnehmer ohne Stimmberechtigung vertreten. Die strukturelle Anbindung der nationalen Teilknoten ist unterschiedlich, teils politisch, teils fachlich.

Die deutsche Variante einer Struktur aus gleichberechtigten Knoten für verschiedene Organismengruppen, zu denen Pflanzen (incl. Protisten) als ein Knoten gehören, wurde bereits bei einer ersten Vorbesprechung zur Koordination im Februar 2001 beschlossen. Nähere Informationen dazu finden sich unter http://www.gbif.de [2]. Eine vergleichbare Aufteilung ist in anderen Ländern unseres Wissens nicht realisiert. Auch die Tatsache, dass in den Projekten der deutschen Teilknoten derzeit nicht nur Datenvernetzung, sondern auch Datenerfassung gefördert wird, ist eher die Ausnahme.

In der anschließenden Diskussion wurde auf die Fragen der Nachhaltigkeit und der Datenqualität hingewiesen, die im gesamten GBIF-Verbund zu behandeln sein werden. Eine Dokumentation des Fortschritts in der internationalen Entwicklung wird auf dem oben genannten GBIF-Website erfolgen, daneben dient der CIRCA[2]-Server unter http://circa.gbif.net/Public/irc/gbif/Home/main [3] als zentrales Repositorium für Dokumente und ggf. Diskussionsforen. Ebenfalls von GBIF International wird ein sog. Portal Toolkit[3] zur Unterstützung von Mitglieds-Knoten zur Verfügung gestellt.

 

Kompetenzbereiche in GBIF-D Botanik: Möglichkeiten einer ausgewogenen Abdeckung

Wegen der hohen Komplexität des botanischen Knotens im deutschen GBIF wurde bereits in einem frühen Planungsstadium eine Einteilung in verschiedene so genannte "Kompetenzbereiche" unternommen (ursprünglich: Kulturpflanzen, Phytotaxonomie, Herbarien, Paläobotanik, Botanische Gärten, Deutsche in-situ Phytodiversität und Pflanzengenetische Ressourcen). A. Kirchhoff gibt eine Einführung zum Vorschlag der Darstellung und Gliederung dieser Bereiche sowie zu bekannten Datenquellen, die ihnen zugeordnet werden können. Da in der Begutachtungsphase der Anträge einige Bereiche mit erheblichen Kürzungsvorgaben belegt oder ganz gestrichen wurden, ist es in der Etablierung des botanischen Knotens um so wichtiger, ihre Integrierung weiterhin langfristig zu verfolgen. Außerdem sollen bisher vernachlässigte Bereiche identifiziert werden.

Die folgenden Punkte wurden diskutiert:

"Kulturpflanzen" und "Pflanzengenetische Ressourcen" können als in weiten Bereichen überlappend angesehen werden. Der Wert zweier getrennter Kompetenzbereiche ist fraglich.

im Bereich Pflanzengenetische Ressourcen sollten auch Stammsammlungen von Algenkulturen berücksichtigt werden. Genannt werden die Sammlungen am Alfred-Wegener-Institut (AWI) Bremerhaven (Lüning), von Arbeitsgruppen der Universität Köln (Arndt und Melkonian), die Sammlung von Algenkulturen Göttingen (SAG: Friedl) und die Sammlung von Conjugatenkulturen (SVCK) in Hamburg (Engels).

ZePhyD[4] wird als wichtiger Beitrag im Bereich in-situ-Phytodiversität genannt.

Im Bereich Phytotaxonomie wird die "Flora Neotropica"[5] als internationales Projekt genannt

Charakterisierungsdaten bzw. Pflanzenmerkmale sollten berücksichtigt sein. Dafür sind verschiedene Ansatzpunkte denkbar: als eigener Kompetenzbereich; in Angliederung an die Phytotaxonomie (taxonbezogene Merkmalsdaten, z.B. BioLFlor (Database on Biological and Ecological Traits of the Flora of Germany, Umweltforschungszentrum Leipzig-Halle), funktionelle Merkmale; als Unterbereich jedes der Kompetenzbereiche. Letzteres wird favorisiert, da Merkmalsdaten in allen sammlungsbezogenen Bereichen wie auch in der Phytotaxonomie mit unterschiedlichen Schwerpunkten vorhanden sind.

im Bereich Paläobotanik wird auf die Aspekte Paläoethnobotanik und European Pollen Database (http://www.ngdc.noaa.gov/paleo/epd.html [4]) hingewiesen. Allgemein wird für die Anbindung europäischer Projekte auf das gerade in der Startphase befindliche Projekt ENBI[6] verwiesen.

Es wird festgestellt, dass Protisten, abgesehen von der Einbeziehung von Algen unter diesem Oberbegriff, entgegen dem Titel des Teilknotens nicht repräsentiert sind.

Das Problem der Rechte (Intellectual Property Rights und andere) wird als ein im Rahmen dieses Projektes nicht abgedeckter Bereich erkannt, die Diskussion aber zurückgestellt, da diese Frage im internationalen Rahmen zu lösen sein wird. In diesem Zusammenhang stehen auch Entscheidungen zur Veröffentlichung von Daten. Das Ziel von GBIF ist es, möglichst viele Daten öffentlich zu machen und damit die Nutzer zu stärken. Dem Eindruck von einer Interessengemeinschaft der industrialisierten Länder steht gegenüber, dass GBIF nicht politisch organisiert ist und auch viele sog. Drittweltländer zu den Mitgliedern gehören. Beiträge zu Repatriierungsprojekten (z.B. Flora Brasiliensis, CONABIO[7]) können zu einer ausgewogenen Nutzenrelation beitragen.

Allgemein wird das Problem der Datenqualität thematisiert. Dem GBIF-Ziel einer schnellen Veröffentlichung einer großen Menge von Primärdaten stehen Bedenken gegenüber, dass Nutzer bei unzureichenden Bewertungsmöglichkeiten der Datenqualität schnell entmutigt werden. Auch zu diesem Problembereich gibt es bereits auf internationaler Ebene mehrfach Ansätze, eine Lösung zu finden, so dass eine Aufarbeitung im Rahmen des Botanik-Knotens nicht sinnvoll erscheint.

Zusammenfassend kann festgestellt werden, dass im Rahmen der ersten Projektphase eine Vernetzung auch der nicht als Teilprojekte integrierten Bereiche zwar voraussichtlich nicht möglich sein wird, ihre Einbeziehung in die weitere Diskussion und Planung aber nachdrücklich unterstützt werden soll.

 

GBIF-D Botanik, Rolle und Umsetzungskonzepte

Die Einbindung aller beteiligten Teilprojekte in den botanischen Knoten hat infolge der Projektauswahl zwei Schwerpunkte. Einer liegt im Kompetenzbereich Herbarien, der andere in der Einbindung der im BIG-Verbund beteiligten Partner zur initialen Abdeckung der Kompetenzbereiche Planzengenetische Ressourcen incl. Kulturpflanzen, Deutsche in-situ Phytodiversität und Botanische Gärten. Während im Herbar-Bereich der Beitrag der Teilprojekte vorwiegend die Datenerfassung und -bereitstellung zur Schaffung eines so genannten "Virtuellen Herbariums" betrifft, ist im anderen Schwerpunktbereich ein funktionierendes Netz der vier Partnerinstitutionen bereits vorhanden, die Datenbestände sollen durch Softwareanpassungen für das Portal des botanischen Knotens zugreifbar gemacht werden.

In Vorbereitung auf die Diskussion des folgenden Tages gibt A. Hahn eine schematisierte Einleitung zum Aufbau eines Netzwerkes aus Client, Portal- und Datenknoten und den damit verbundenen Datenflüssen (s. Anhang). Im Fall von GBIF-D Botanik ist im Arbeitsprogramm die Schaffung von zwei Portalen vorgesehen: für das Virtuelle Herbarium und den übergeordneten Botanischen Knoten. Auf die Datenhalter ("Datenknoten") kommen im wesentlichen drei Aufgaben zu: die Installation eines Webservers mit kontinuierlicher Internetanbindung, die Ergänzung eines Konfigurationsfiles, in dem die Abbildung von Datenbank-Attributen auf das Anfrage- und Rückgabeschema dokumentiert ist, und ggf. die Einrichtung eines sog. Views in der Datenbank selbst, über den die nach außen sichtbare Datenstruktur angepasst oder Filterkriterien für eine eingeschränkte Veröffentlichung umgesetzt werden. W. Berendsohn gibt einen Überblick zu den Zielen und der Struktur des Projekts BioCASE[8], das ebenso wie andere internationale Projekte (vgl. DiGIR[9]) eng mit dem GBIF-Programmbereich zu Data Access and Database Interoperability (DADI[10]) kooperiert. Das u.a. mit erheblichem Beitrag seitens des BioCASE-Projektes entwickelte ABCD[11]-Schema wird von GBIF International als Datenrückgabeschema favorisiert.

 

Folgende Punkte wurden diskutiert:

  • Wrapper: Standard, Installation:

Die eingesetzte Wrappersoftware wird Daten gemäß dem ABCD Schema unter Auswertung entsprechender Konfigurationsfiles "verpacken" und an das Portal zurückliefern. Wegen der variablen Atomisierung der Datenbereiche im Schema sind feste Vorgaben für die Datenstrukturierung nicht notwendig.

Als technische Mindestvoraussetzung zur Webanbindung sind für eine Datenbank lediglich ein Identifizierer des Objekts sowie das Datum der letzten Änderung obligatorisch. Die Bereitstellung aller weiteren Daten liegt im Ermessen des Datenbankanbieters.

Programmierung und Installation des Wrappers wird am Teilprojekt 1 am BGBM durchgeführt bzw. betreut werden.

Die Konfigurationsdateien müssen von den Datenhaltern konfiguriert werden, diese erhalten dabei aber Unterstützung durch das Teilprojekt 1.

Für die Teilprojekte besteht die Möglichkeit, die bei der Dateneingabe verwendeten Datenstrukturen durch Teilprojekt 1 auf Kompatibilität mit dem ABCD Schema überprüfen zu lassen.

 

  • Vorgaben / Spezifikationen für XML-Anfragen / Antworten:

Für XML-Anfragen und XML-Antworten bei BioCase und bei DIGIR existieren bereits entsprechende Spezifikationen, die übernommen werden können.

Die Anzahl der abfragbaren Punkte (Access Points) soll sich an 'Species Analyst'[12] oder 'Darwin Core'[13] orientieren. Die Anzahl der abfragbaren Punkte wird dabei kleiner sein als die Anzahl rückgegebener Elemente.

Die Forderung nach inhaltlicher Bearbeitung, Festlegung und Spezifikation der Antwortdatensätze durch Vertreter der Kompetenzbereiche wird zurückgestellt. Der Bandbreite der Datensatzmenge sollte zunächst nicht spezifiziert werden, weil der Nutzerkreis des Botanischen Knotenportals bisher nicht einzugrenzen ist. Kurz- bis mittelfristig zielt das deutsche Botanik-Portal auf eine Bereitstellung eines möglichst großen Datenangebots. Unter Berücksichtigung der Nutzeranforderungen (logfiles, Registrierung und Auswertung der häufigsten Anfragen) können dann gezielter Anfrage- und Antwortstrukturen spezifiziert werden.

Eine automatische Ermittlung des für eine gegebene Anfrage relevanten Informationssystems ist nur mittels Indexierung der Datenbanken möglich. Eine weitere Möglichkeit besteht in der manuellen Auswahl des Informationssystems durch Ankreuzen / Anklicken der Datenbank (Beispiel: GBIF Kanada - CBIF).

 

  • Datenrückfluss /  Fernannotation:

Ein weiterer Aspekt, dem Anfang 2004 ein eigener Workshop gewidmet ist, ist die Organisation und Verarbeitung des Datenrückflusses. Mit der Veröffentlichung von Daten, beispielsweise digitaler Herbarbelege, müssen auch die Arbeitsgänge, die bisher ausschließlich am Herbarmaterial selbst erfolgten, in einem als "Fernannotation" bezeichneten Prozess digital ablaufen. Christoph Oberprieler (Leiter des Herbars am BGBM) stellte anhand von Zahlen die Erfahrungen mit digitalen Herbarbelegen und deren Annotation dar. So wurden im Jahr 2002 in der Gruppe der Spermatophyta und Pteridophyta 159 Ausleihen getätigt (mit 4654 Belegen bei den Spermatophyta und 197 Belegen bei den Pteridophyta), davon 137 digital, 22 physisch. Im selben Jahr trafen zwei Antworten bezogen auf digitale Ausleihen aus dem Jahr 2001 mit Annotierungen ein (Antwort 1 mit Bestimmungen zu 14 Belegen, z. T. mit Vorbehalt, Antwort 2 mit Bestimmungen zu 210 Belegen, ebenfalls z. T. mit Vorbehalt; die fraglichen Belege wurden dann physisch ausgeliehen).  Ein Fragebogen zur Zufriedenheit der Nutzer mit dem digitalen Herbar am BGBM liegt nicht vor. Von einigen Teilnehmern wird ein virtuelles digitales Herbar als Konkurrenz zum reellen Herbar empfunden, da die digitale Bildbearbeitung bei gleich bleibendem oder reduziertem Personal auf  Kosten der Pflege des reellen Herbariums durchgeführt werden muss. Eine Annotation des digitalen Belegs erfolgte bisher durch Benachrichtigung per email. Die Erfahrung von Herbarbearbeitern zeigt, dass diese Art der Annotation bislang zeitaufwändiger ist als die herkömmliche Annotation des physischen Belegs durch Beifügen eines Annotationszettels.

In Vorbereitung auf den Workshop werden die Teilnehmer gebeten, Ideen und Anregungen zur oben skizzierten Problematik zu sammeln.

Beschluss: Die Diskussion zum Thema Fernannotation wird auf dem nächsten Kustodentreffen angeregt werden.

 

Integration von Datenbeständen

Einleitend zum zweiten Workshop-Tag, der sich konkreter mit den Datenbeständen und Arbeitsplänen der Teilprojekte auseinandersetzen sollte, stellte Stephanie Sobek kurz ihr an GBIF-D Botanik angegliedertes Teilprojekt (ursprünglich Teil eines anderen Knotenantrages) vor. In ihm wird die amerikanische Sammlungsverwaltungs-Software "Specify"[14] in Zusammenarbeit mit der Universität Kansas für den deutschen Markt (z.B. Datumsformate) angepasst und für eine Reihe verschiedener Sammlungstypen adaptiert werden. Anschließend demonstrierte Michaela Schmull das Prinzip des "Virtuellen Herbariums" inklusive hochauflösender Bilddaten am Beispiel des Herbariums Göttingen.

Anhand einer Arbeitstabelle 'Datengrundlagen der Projekte' wurde der Stand der Arbeiten, die technischen Grundlagen sowie weitere Planungen in den Teilprojekten erörtert. Abschließend wurde dazu aufgerufen, der Koordination des Botanik-Knotens weitere Korrekturen und Nachträge hinsichtlich der Planung der Teilprojekte mitzuteilen.

Für die jeweiligen Teilprojekte wurden Ansprechpartner für technische Fragen genannt (Poppendieck, Biermann, Schmull, Jahn, Bartsch, Schubert, Harrer, May, Boos). Die Ansprechpartner stehen auch nach Ablauf eines Projektes zur technischen Betreuung der Datenbank bzw. zur Unterstützung der Anbindung an das GBIF-Botanik-Portal zur Verfügung oder nennen dem Botanischen Knoten eine/n Nachfolger/in.

Für eine Software zur Erfassung der Herbardaten wurde keine Empfehlung gegeben. Es wurde jedoch auf existierende Sammlungssoftware wie Specify, Systax[15], und SeSam[16] hingewiesen. Bei allen drei Anwendungen ist der Import von bereits in elektronischen Dateien vorliegenden Daten (Altdaten) möglich.

Aufforderung: Die Teilprojekte werden der Koordination des GBIF Botanik Knotens Änderungen im Zeitplan, sowie weitere Änderungen in der Planung mitteilen.

 

Portal GBIF-D Botanik und Anbindung der Partner im BIG-Verbund

Aus der grundsätzlichen Darstellung des Portal-Konzeptes am Vortag - der Anschluss von Datenknoten erfolgt in einer Weise, dass potenziell beliebig viele Portale für spezifische Nutzergruppen ebenfalls auf die Daten zugreifen können – ergab sich als Missverständnis die Annahme, es werde grundsätzlich kein zentrales Zugangsportal zum Botanik-Knoten in GBIF-D geben. Hierauf entspann sich eine längere Diskussion darum, inwieweit vor allem die bereits in der Portalerstellung erfahrenen Projektpartner des BIG-Verbundes diese Erfahrungen in den Botanik-Knoten einbringen können. Ein Konzept für das Portal muss in Abstimmung mit der Schnittstellen-Programmierung erstellt werden, damit einerseits Daten für eine Demonstration des Prototyps zur Verfügung stehen, andererseits die Notwendigkeit von nachträglichen Anpassungen vermieden wird. Punkte, die in der Konzept-Phase zu bedenken sind, sind unter anderem die Fragen: was soll abgefragt werden, welche Information steht zur Verfügung, welche Nutzergruppen sollen angesprochen werden, soll ein Portal für alle realisiert werden oder gibt es andere Möglichkeiten, und wie mit ungefilterten/ungeordneten Datenausgaben umzugehen ist. Grundsätzlich erklärten sich die Vertreter der teilnehmenden Institutionen bereit, als Ansprech­partner zur Verfügung zu stehen, wiesen aber darauf hin, dass zur Bildung einer Arbeitsgruppe keine Projektmittel bereitgestellt sind. In einem Nachgespräch im kleineren Kreis der BIG-Partner wurde übereinstimmend beschlossen, die vom BioCASE-Projekt zur Verfügung gestellte Dokumentation vorhandener Software und Spezifikationen[17] auf Kompatibilität mit den Implementierungen des BIG-Verbundes sowie die Möglichkeit einer Anpassung der existierenden Wrappersoftware auf das ABCD-Rückgabeschema zu prüfen.

Kommunikationsstrukturen

Auf den GBIF-D Botanik Seiten (http://www.gbif.de/botanik [5] ) befinden sich Informationen zum Botanik Knoten. Unter 'Aktuelles' werden die neuesten Informationen zum Projekt dargestellt. 'Links' verweist auf Datenangebote und Websites der Projektpartner des Botanik-Knotens. Hintergrund und Zielsetzung des Botanischen Knotens Deutschland werden unter 'Home' erläutert. Die Seite 'Projekte' gibt einen allgemeinen Überblick über Projektpartner und Einzelprojekte. Hier sollen in Zukunft die Teilprojekte dargestellt und der aktuelle Stand der Arbeiten wiedergegeben werden (ggf. als Link auf spezifische Seiten der Partner).

Die Webseite soll zusätzlich ein Forum und eine Möglichkeit der Selbstdarstellung für die Kompetenzbereiche bieten.

Aufforderung: Der 'Botanik-Knoten' wird den Vertretern der Teilprojekte und Kompetenzbereiche eine Übersichtsdarstellung zum Projekt / Kompetenzbereich zur Überarbeitung zusenden. Diese soll anschließend in der GBIF-D Botanik Site veröffentlicht werden.

Administrative Fragen, Finanzen: Alle zwei Monate, jeweils zum Beginn eines ungeraden Monats, kann eine Mittelanforderung bei Frau Schröder beantragt werden. Frau Schröder bittet auch um Mitteilung, wenn keine Mittel in Anspruch genommen werden.

Herr Berendsohn weist darauf hin, dass die Teilprojekte in ihren Webseiten aus rechtlichen Gründen einen Hinweis auf Haftungsausschluss (Disclaimer) führen sollten.

Aufforderung: Frau Schröder bittet dringend um Zusendung der noch ausstehenden Zwischenberichte für das Jahr 2002.

 

Statusseminar des BMBF:

Vom 1.-4. Dezember 2003 wird ein Statusseminar des BMBF in Berlin im Haus der Kulturen der Welt stattfinden. Das Seminar umfasst an verschiedenen Tagen Veranstaltungen für drei Zielgruppen: für die allgemeine Öffentlichkeit, für eine wissenschaftliche programmübergreifende Öffentlichkeit und GBIF intern. Die Veranstaltung wird ein wichtiges Instrument zur Darstellung der Bedeutung der biodiversitätsrelevanten Forschung gegenüber einer breiten Öffentlichkeit sein und möglicherweise die weitere Entwicklung der entsprechenden Förderbereiche entscheidend beeinflussen.

Aufforderung: Herr Berendsohn fordert dazu auf, für das Statusseminar Ideen zur Repräsentation von GBIF-Botanik einzureichen.

 

Resümee

Es wurde festgehalten, dass die Teilprojekte eine große Bandbreite aufweisen, die von Digitalisierungs- und Datenerfassungsarbeiten bis hin zur Erstellung von Schnittstellenspezifikationen reicht. Dieses Spektrum muss koordiniert und parallel weiterentwickelt werden.

Herr Schubert unterstrich die Möglichkeit, GBIF zur Mitteleinwerbung zu instrumentalisieren, beispielsweise durch Supportbriefe.

Vertreter der Projekte, die mit Datenerfassungen beschäftigt sind, begrüßten die Betreuung durch den 'Botanik Knoten' und kündigen die Koordination von Teilprojekten untereinander an (z.B. interne Abstimmung aller Hamburger Projekte oder die Zusammenarbeit der Makroalgenprojekte Helgoland und Rostock).

Altdatenbestände sollten ebenfalls eingebracht werden können; hierzu gibt es ein Angebot zur Konvertierung sowohl seitens SysTax als auch bei Specify.

Vertreter der Herbarien betonten, dass ein Auseinanderdriften von "reellem" und "virtuellem" Herbarium verhindert und die Bedeutung des reellen Herbariums als Basis der Information hervorgehoben werden muss. Auf die Einbeziehung der Fachkompetenz der Kustoden im Workshop zur Fernannotation wurde gedrungen.

Frau Jahn stellte in diesem Zusammenhang die Arbeitsgruppe der Kuratoren und die der jungen Systematiker der Gesellschaft für Biologische Systematik vor und rief zur Beteiligung auf.

Die im Botanik-Knoten unterrepräsentierten Bereiche insbesondere der Vegetationsdaten und der floristischen Kartierungsdaten sollen weiter gestärkt und die Möglichkeit der Eigendarstellung innerhalb der Kompetenzbereiche genutzt werden.

Vertreter des Teilprojektes 5 (BIG-Datenbanken) stellten fest, dass zur Entwicklung des Portals die Portalstruktur geklärt und Nutzerprofile (use cases) ermittelt werden müssen. Außerdem sollte eine Abstimmung bei der Entwicklung der Wrapper erfolgen.



[1] GBIF ("Global Biodiversity Information Facility") - internationale Initiative, basierend auf einem "Memorandum of Understanding" (MoU), mit dem Ziel, die weltweit in Naturkundemuseen, Bibliotheken und Datenbanken vorhandenen Daten zur Biodiversität zu erschließen und allgemein verfügbar zu machen, zunächst mit einer Priorität im Bereich Taxoninformation und objektbezogene Daten. http://www.gbif.org [1] / http://beta.gbif.org [6]

[2] CIRCA (The Collaborative Software for Public Administrations) - webbasierte Umgebung zur Unterstützung einer effektiven und sicheren Zusammenarbeit von Arbeitsgruppen oder Komitees mit gemeinsamen Ressourcen und Dokumenten. Software Tool, entwickelt im IDA-Programm ("Interchange of Data between Administrations") der EU (s. http://europa.eu.int/ISPO/ida/jsps/index.jsp?fuseAction=showDocument&parent=highlights&documentID=640 [7]). http://circa.gbif.net/gbif [8] / http://www.gbif.org/circaint.htm [9]

[3] Portal Toolkit (PTK) - von GBIF International bereitgestelltes Softwarepaket, das GBIF-Knoten bei der Einrichtung von Web-Portalen und gemeinsamem Datenzugriff unterstützt, basierend auf wiederverwendbaren Komponenten der Zope-Community (s. http://www.zope.org [10]). Gegenwärtig in einer beta-Version verfügbar unter http://circa.gbif.net/Public/irc/gbif/ict/library?l=/download_gbif_tools&vm=detailed&sb=Title [11]

[4] ZePhyD ("Zentralstelle für die Phytodiversität Deutschlands") - Schnittstelle für botanische Datenbanken, koordiniert am Lehrstuhl für Botanik, Universität Regensburg (http://www.biologie.uni-regensburg.de/Botanik/Poschlod/lehrs.html [12]), IT-Management am Bundesamt für Naturschutz (BfN, Fachgebiet Botanischer Artenschutz, http://www.bfn.de/01/0102_112.htm [13]).

[5] OFN ("Organization for Flora Neotropica") - Internationale Organisation mit der Mission, ein Inventar der Pflanzen der gesamten neuweltlichen Tropen zu veröffentlichen. http://www.nybg.org/bsci/ofn/ [14].

[6] ENBI ("European Network for Biodiversity Information") - europäisches Projekt mit dem Ziel, ein offenes Netzwerk von relevanten Biodiversitäts-Informationszentren in Europa und anderen Ländern der westlichen palaearktischen Region zu schaffen. Dieses Netzwerk wird insbesondere alle europäischen nationalen Knoten von GBIF einschließen und dient der knotenübergreifenden Organisation von GBIF-relevanten Aktivitäten.

[7] CONABIO ("Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad", National Commission for the Knowledge and Use of Biodiversity, Mexiko) - http://www.conabio.gob.mx [15]

[8] BioCASE ("A Biological Collection Access Service for Europe") - europäisches Projekt mit dem Hauptziel, objektbezogene biologische Sammlungs- und Beobachtungsdaten aus verteilten Datenquellen in einheitlicher Form zusammenzuführen und abfragbar zu machen. http://www.biocase.org [16]; zur konkreten Umsetzung der Netzwerk-Architektur im BioCASE-Projekt s. auch http://www.biocase.org/dev/systems/unitsystem.shtml [17]

[9] DiGIR ("Distributed Generic Information Retrieval") - amerikanisches Projekt zur Entwicklung eines Protokolls zum einheitlichen Zugriff auf verteilte Datenquellen. Das DiGIR Protokoll ist Bestandteil des gegenwärtigen Entwurfs für die Architektur von GBIF International. http://sourceforge.net/projects/digir [18]

[10] DADI ("Data Access and Database Interoperability") - eines der vier Arbeitsprogramme von GBIF International. http://beta.gbif.org/prog/dadi [19]  / http://www.gbif.org/support/DADI%20Work%20Programme%20Details.doc [20]

[11] ABCD ("Access to Biological Collection Data") - XML-Schema zur Beschreibung biologischer Sammlungsinformation. Vorgeschlagener Standard der Taxonomic Database Working Group (TDWG) für die Daten-Zusammenführung aus verteilten Sammlungsdatenbanken. Das ABCD-Schema ist Bestandteil des gegenwärtigen Entwurfs für die Architektur von GBIF International. http://www.bgbm.org/TDWG/CODATA/Schema/ [21]

[12] Species Analyst - amerikanisches Forschungsprojekt zur Entwicklung von Standards und Software-Tools zur Vernetzung von biologischen Sammlungs- und Beobachtungsdatenbanken. http://tsadev.speciesanalyst.net/ [22]

[13] DwC ("Darwin Core") - Profil zur Beschreibung der Mindeststandards zur Suche in und Rückgabe von Daten aus Datenbanken naturhistorischer Sammlungen sowie Beobachtungsdatenbanken, entwickelt im Rahmen des Species Analyst Network. DwC wird in GBIF International als sog. "Legacy Format" weiterhin unterstützt und durch geeignete Software in eine ABCD-konforme Darstellung transformiert werden. http://tsadev.speciesanalyst.net/documentation/ow.asp?DarwinCoreV2 [23] sowie http://tsadev.speciesanalyst.net/documentation/ow.asp?DarwinCoreV2%5Fobis [24]

[14] Specify - Biodiversity Collections Management, Datenbank-Anwendung für biologische Sammlungen in Museen und Herbarien, entwickelt an der University of Kansas. http://usobi.org/specify/ [25]

[15] SysTax - Datenbanksystem für Systematik und Taxonomie, entwickelt in Zusammenarbeit der Universität Ulm und der Ruhr-Universität Bochum. http://www.biologie.uni-ulm.de/systax/ [26]

[16] SeSam ("Senckenbergisches Sammlungsmanagementsystem") - webbasiertes Sammlungsverwaltungssystem, entwickelt am Forschungsinstitut Senckenberg, Frankfurt/Main. Wird eingesetzt vom Teilknoten "Evertebrata III" des deutschen GBIF-Verbundes (s. http://www.gbif.de/evertebrata3 [27])

[17] s. http://www.biocase.org/dev/index.shtml [28]

Kontakt:

Agnes Kirchhoff: a.kirchhoff@bgbm.org
[29]Telefon: 030-83850121
Heike Schröder: h.schroeder@bgbm.org
[30] Telefon: 030-83850169

Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem (BGBM) [31]
Freie Universität Berlin [32]
Königin-Luise-Str. 6-8, 14195 Berlin, Germany

 

7.05.2003

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Quell-URL:https://www.gbif.de/de/botanik/archiv/workshop03_html#comment-0

Links
[1] http://www.gbif.org/ [2] http://www.gbif.de/ [3] http://circa.gbif.net/Public/irc/gbif/Home/main [4] http://www.ngdc.noaa.gov/paleo/epd.html [5] https://www.gbif.de/botanik [6] http://beta.gbif.org/ [7] http://europa.eu.int/ISPO/ida/jsps/index.jsp?fuseAction=showDocument&parent=highlights&documentID=640 [8] http://circa.gbif.net/gbif [9] http://www.gbif.org/circaint.htm [10] http://www.zope.org/ [11] http://circa.gbif.net/Public/irc/gbif/ict/library?l=/download_gbif_tools&vm=detailed&sb=Title [12] http://www.biologie.uni-regensburg.de/Botanik/Poschlod/lehrs.html [13] http://www.bfn.de/01/0102_112.htm [14] http://www.nybg.org/bsci/ofn/ [15] http://www.conabio.gob.mx/ [16] http://www.biocase.org/ [17] http://www.biocase.org/dev/systems/unitsystem.shtml [18] http://sourceforge.net/projects/digir [19] http://beta.gbif.org/prog/dadi [20] http://www.gbif.org/support/DADI%20Work%20Programme%20Details.doc [21] http://www.bgbm.org/TDWG/CODATA/Schema/ [22] http://tsadev.speciesanalyst.net/ [23] http://tsadev.speciesanalyst.net/documentation/ow.asp?DarwinCoreV2 [24] http://tsadev.speciesanalyst.net/documentation/ow.asp?DarwinCoreV2%5Fobis [25] http://usobi.org/specify/ [26] http://www.biologie.uni-ulm.de/systax/ [27] https://www.gbif.de/evertebrata3 [28] http://www.biocase.org/dev/index.shtml [29] mailto:a.kirchhoff@bgbm.org [30] mailto:h.schroeder@bgbm.org [31] http://www.bgbm.de/ [32] http://www.fu-berlin.de/index.html