You are here

Statusseminar der BMBF Programme GBIF-Deutschland (GBIF-D) und BIOLOG-Biodiversitätsinformatik

English version English Version

 

VortragDas GBIF Deutschland (GBIF-D) Statusseminar diente sowohl der Kommunikation innerhalb der Projekte als auch der Dar-stellung gegenüber anwesen-den Gutachtern und Vertretern verschiedener Ministerien. Die 64 GBIF-D und 5 BIOLOG-AlgaTerra Projekte wurden sowohl im Berichtband als auch in Form von Postern vorge-stellt. Über 110 Wissenschaft-ler, überwiegend Vertreter aus GBIF-D Projekten, nahmen an dem Treffen teil. Das Seminar gliederte sich in vier Sessions.

Die Vorträge wurden thematisch projektübergreifend gehalten und beleuchteten die Thematik vielschichtig und umfassend aus mehreren Perspektiven. Alle Projektberichte wurden in einem Status Report vom PT-DLR und BGBM Berlin-Dahlem veröffentlicht (ISBN 3-921800-53-6). Das Programm, der Status Report 2004, die Vorträge sowie die Posterliste stehen als pdf-Datei zur Verfügung.

  • Programm (pdf)
  • Status Report 2004 (pdf)
  • Vorträge Session I-IV (pdf)
  • Posterliste (pdf)

 

Session I: Setting the stage

Die Teilnehmer wurden begrüßt und das Statusseminar von Martin Rieland (BMBF, Bonn) und Walter Berendsohn (BGBM, Berlin) vorgestellt.

James Edwards (GBIF Sekretariat, Kopenhagen) stellte GBIF Deutschland in den internationalen Kontext und betonte die Fortschritte und Ergebnisse der GBIF Arbeit aus den letzten drei Jahren. Derzeit ermöglicht das GBIF Portal eine freien Zugriff auf mehr als 45,5 Millionen Daten aus 338 Sammlungen. Herr Edwards hob die Rolle des deutschen Beitrages und die Bedeutung deutscher Institutionen im internationalen Rahmen der Biodiversitätsforschung hervor und illustrierte anschließend das GBIF Programm der kommenden Jahre. Einige Beispiele für Deutschlands Beitrag zu GBIF:

  • führend in der Entwicklung technischer Standards
  • Mitarbeit im NODES Committee
  • wichtiger Datenanbieter, stellt viele Bilder von Sammlungsexemplaren ins Netz
  • wichtiger Empfänger von Fördergeldern der "seed money" Projekte des GBIF Sekretariats
  • stellt den Chair des Governing Boards (Christoph Häuser, SMNS Stuttgart)
  • Mitarbeit in allen GBIF Gremien (Committees and Subcommittees)

Edmund Gittenberger (National Museum of Natural History Naturalis of University Leiden) ging auf die Informationsressourcen im weiteren Sinn ein (Zoological Record, Voucher specimens und GenBank). Seine Darstellung erfolgte im Rahmen der modernen Taxonomie, insbesondere der methodologischen Entwicklungen im Bereich der Molekularbiologie (mit DNA Sequenzierung).

Die Knotenkoordinatoren (Erko Stackebrandt, DSMZ Braunschweig; Christoph Häuser, SMNS Stuttgart; Dagmar Triebel, BSM München; Gerhard Haszprunar, ZSM München; Michael Türkay, FIS Frankfurt; Regine Jahn, BGBM Berlin; Renate van den Elzen, ZFMK Bonn; Walter Berendsohn, BGBM Berlin) stellten im Anschluss in einem Wechseldiskurs das deutsche Knotenssystems, seine Bedeutung für deutsche Forschungsvorhaben, sowie seine Prioritäten und Managementstruktur vor.

 

Session II: Beitrag zur IT Entwicklung

Buffet Die Session II befasste sich mit einer Reihe von Vorträgen aus der IT-Entwicklung. Alexandra Kehl (Universität Bayreuth) erläuterte Ergebnisse aus der IT-Fachgruppe. Wesentliche Auf-gaben und Ziele der IT-Fachgruppe (homepage) sind die Dokumentation von IT-Entwick-lungen im Bereich Biodiversitäts-forschung, das Veranstalten von Workshops zum Erfahrungsaus-tausch und zur Synergieent-wicklung auf der angewandt informationstechnischen Ebene.

Joachim Holstein (SMNS Stuttgart) erläuterte die datentechnische Erschließung naturhistorischer Sammlungen und verglich die vorrangig bei GBIF-D genutzten Sammlungserfassungssysteme (SeSam, SysTax, Specify, DiversityWorkbench, DSMZ Datenbank), die ihre Daten in ein einheitliches Protokoll von GBIF International überführen.

Die verschiedenen verfügbaren Programme und Konzepte zur Erfassung von überwiegend nicht-molekularen Organismenbeschreibungen beschrieb Gregor Hagedorn (Biologische Bundesanstalt für Land- und Forstwirtschaft Berlin). Gleichzeitig ging er auf die Bedeutung beschreibender Daten für die Biodiversitätsforschung ein.

Wolfgang Ludwig (Technische Universität München) stellte die verschiedenen Datenbanksysteme für DNA Sequenzdaten vor, u.a. ARB, eine spezielle Software mit verschiedenen Werkzeugen zur Handhabung von Sequenz-Datenbanken und für die Datenanalyse.

Anton Güntsch erschloss technische Details zur Netzwerktechnologie (BioCASE Protokoll etc.) und stellte ABCD (Access to Biological Collection Data) vor, ein XML-Schema zur Beschreibung biologischer Sammlungsinformation. Die internationale Arbeitsgruppe zur Entwicklung des ABCD Standards wird in Deutschland koordiniert. ABCD ist, wie das BioCASE Protokoll, Bestandteil der Architektur von GBIF International.

Das Projekt „XML Sicherheitsmechanismen für GBIF-Deutschland“ (homepage) zur Konzeption und Implementierung von Sicherheitsdiensten für GBIF-D wurde von Ekaterina Langer (Institut für Informatik Berlin) vorgestellt. Die geplanten Arbeiten sollen die GBIF-D Architektur und das System durch Sicherheitsdienste auf XML Basis erweitern sowie die Vertraulichkeit, Integrität, Authentizität und Nicht-Abstreitbarkeit von Daten und Nachfragen herstellen.

 

Session III: Einsatz von im Netz offen zugänglichen Daten

PosterDie Einsatzmöglichkeiten von im Netz offen zugänglichen Daten wurden eindrucksvoll in der Session III vorgetragen. Gerhard Haszprunar (ZSM München) befasste sich mit Nomenkla-torischen Typen und stellte deren Bereitstellung und die Webper-spektiven heraus. Nach der DNFS Erhebung zählt Deutschland im naturhistorischen Sammlungs-bereich neben USA, GB und Frankreich zu den Top 4 der Welt. Innerhalb der GBIF-D Projekte werden schätzungsweise 100% der Wirbeltiertypen, 50-70% der Evertebratentypen und ca. 10% der vorliegenden Insektentypen Deutschlands erfasst.

Über den Zugang zu mikrobiologischen Ressourcen berichtete Dagmar Fritze (DSMZ Braunschweig). Der Prokaryonten Knoten unterscheidet sich von den anderen deutschen Knoten in seiner Rolle als Ressourcenanbieter. Kultursammlungen von Mikroorganismen konservieren das mikrobiologische Erbe and bieten eine genetisch stabile Ressource für Wissenschaftler, Institute und Industrie an.

Martin Schnittler (Universität Greifswald), Frank Klingenstein (BfN Bonn) und Rudi May (BfN Bonn) hoben die hohe Bedeutung der Daten für den Naturschutz hervor. Biodiversitätsdaten können z.B. zur Erstellung von Rote Liste Arten und Verbreitungskarten effektiv genutzt werden.

Robbert Gradstein (Albrecht-von-Haller-Institut Göttingen) betonte die hohe Bedeutung der Daten für die molekulare Forschung. Er erläuterte anhand von Beispielen die Verwendbarkeit von Herbar- oder Museumsmaterialien für die Analyse von DNA Extrakten (Probleme bereiten v.a. Wasser, chemische Konservierung, sekundäre Inhaltstoffe) und gab Anregungen für eine Optimierung der DNA Gewinnung aus Herbarium- und Museumsammlungen.

Thomas Friedl (Albrecht-von-Haller-Institut Göttingen) befasste sich mit der "Species Bank", die als Archiv für deskriptive Daten genutzt und Lücken bei der phylogenetischen und deskriptiven Taxonomie schließen kann.

Christoph Häuser (SMNS Stuttgart) verdeutlichte die Bedeutung digitaler Biodiversitätsinformationen für internationale Verpflichtungen und multilaterale Abkommen, u.a. für CBD - Convention on Biological Diversity, CITES – „Washingtoner Artenschutzabkommen“ und Convention on Wetlands - Ramsar Convention.

 

Session IV: Perspektiven

BuffetDie Session IV beinhaltete die Anwendung und Nutzung von primären Biodiversitätsdaten zur Lösung verschiedenartiger wissenschaftlicher Fragestellungen. Marion Seier (CABI Bioscience, UK Centre) illustrierte sehr anschaulich die potentielle Nutzung von im Netz zugänglichen primären Biodiversitätsdaten bei der Bekämpfung invasiver Arten und erläuterte die klassische Biologische Kontrolle sowie die Vorgehensweise in der internationalen Projektarbeit von Bioscience.

Die klassische biologische Kontrolle basiert auf dem Prinzip, geeignete co-evolvierte, wirtsspezifische Insekten und Pathogene aus dem Herkunfts-gebiet einer invasiven Art zu ihrer Bekämpfung in nicht-heimische Gebiete einzuführen. Eine Bereitstellung von im Netz offen zugänglichen Biodiver-sitätsdaten würde diese Grund-lagenarbeit effektiv unter-stützen und zu einer schnelleren und ökonomischeren Einleitung von Bekämpfungsmaßnahmen im Rahmen der klassischen Kontrolle führen.

Eine Nutzung von GBIF Daten bei der Vorauswahl biologischer Quellen im industriellen Naturstoff-Screening wurde ausführlich von Marc Stadler (Bayer HealthCare) erläutert. Naturrohstoffe in Pilzen werden sehr erfolgreich in der Medizin und Pharmaindustrie eingesetzt. Vor allem aus Pilzen und marinen Invertebraten sind noch viele neue Wirkstoffklassen zu erwarten. Da der Aufwand für Logistik und Datenbank-Strukturen sehr hoch ist, können verlässliche taxonomische Daten im Netz für die Forschung im Pharmabereich einen wertvollen Beitrag leisten und Bearbeitungszeiten effektiv verkürzen. Eine Verbesserung des Informationsflusses im Internet bezüglich Verbreitung, Ökologie und Taxonomie kann z.B. bei der Vorselektion biologischer Quellen helfen.

Bei der Abschlussdiskussion wurden als Schwerpunkte Zusammenarbeit von Industrie und Forschung, Prioritätensetzung bei GBIF sowie Institutionalisierung und Konsolidierung der erfolgreich angesehenen Strukturbildung von GBIF Deutschland diskutiert.

 

Ausblick

Das Statusseminar ist insgesamt positiv verlaufen. Die Atmosphäre wurde von den Teilnehmern als homogen, optimistisch und engagiert empfunden. Im Verlauf des Statusseminars konnte noch einmal deutlich gemacht werden, dass eine hohe Nachfrage für im Netz offen zugängliche Daten bei der Forschung sowie auch bei der Industrie besteht. Die technische Realisierung sowie Ansätze für eine Verwertbarkeit der Informationen in vielen Bereichen der Gesellschaft wurden während des Statusseminars umfangreich demonstriert.

Wie das BMBF einleitend betonte, stellt das GBIF Förderprogramm eine Anschubfinanzierung dar. Eine längerfristige Aufrechterhaltung der geschaffenen und noch weiter auszubauenden nationalen GBIF-Struktur ist mittelfristig nur zu erreichen, wenn sich die entsprechenden Bundes- und Länderressorts sowie die Förder-institutionen, Datenbankbetreiber und Sammlungsbesitzer weiterhin aktiv an der nationalen Aufgabe beteiligen.

[Susanne Oehlschlaeger, 12.01.2005]


Glossar

 

BGBM Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem, Freie Universität Berlin
BSM Botanische Staatssammlung München
CBD Convention on Biological Biodiversity
CITES Convention on International Trade on Endangered Species of Wild Fauna and Flora
DNFS Direktorenkonferenz naturwissenschaftlicher Forschungssammlungen Deutschlands
DSMZ Deutsche Sammlungen von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH, Braunschweig
FIS Forschungsinstitut Senckenberg Frankfurt a. M.
SMNS Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart
ZFMK Zoologisches Forschungsinstitut Museum A. Koenig, Bonn
ZSM Zoologische Staatssammlung München

AnnoSys als Annotationssystem in GBIF integriert

Virtuelles Herbarium Deutschland jetzt online

Das Virtuelle Herbarium Deutschland (http://vh.gbif.de), abgekürzt VH/de, ist ein neues Internet-Portal, das den freien Zugang zu umfangreichen Pflanzensammlungen aus deutschen Herbarien ermöglicht.

BioCASe Provider kann sich nun mit Excel-Dokumenten verbinden

Über den Biological Collection Access Service (BioCASe) werden Millionen Biodiversitätsdaten aus Deutschland an Biodiversitätsnetzwerke geliefert. Neuigkeiten gibt es aus der BioCASe-Entwicklung

Von Fischen bis zu Kleinalgen – kontinuierlicher Datenfluss von der Diversity Workbench zu GBIF

Seit 15 Jahren entwickelt das Datenzentrum am SNSB

 

Deutsche Datenbereitstellung für GBIF: immer auf dem aktuellsten Stand

Biodiversitätsdaten, die aus Deutschland an GBIF geliefert werden

Subscribe to GBIF-Deutschland News