Weitere Projekte im Rahmen von GBIF-Deutschland (GBIF-D)

AnnoSys: Ein generisches Annotationssystem für Biodiversitätsdaten

Gesamtziel dieses von der DFG geförderten Projekts ist es, exemplarisch die Spezifikation für ein Annotationsdatenrepositorium für vernetzte, hochkomplexe wissenschaftliche Daten zu entwickeln und dieses zu implementieren. Dies soll am Beispiel von im GBIF/BioCASE System bereitgestellten Sammlungs- und Observationsdaten aus dem Bereich der Botanik geschehen (derzeit über 50,8 Millionen Datensätze, davon mindestens 15 Millionen Datensätze von naturhistorischen Sammlungsobjekten).
Analog zu der traditionellen, schriftlichen Annotation naturhistorischer Sammlungsobjekte, z.B. hinsichtlich ihrer taxonomischen Identität, wird ein Vorgang für die im Internet verfügbaren Daten etabliert, der Annotationen sowohl einzelner Datensätze als auch ganzer Datenbestände ermöglicht.
Am Beispiel naturhistorischer Sammlungsdaten im Rahmen von GBIF-Deutschland erarbeitet das Projekt Lösungen für eine Reihe von Domänen-übergreifenden und domänenspezifischen Problemen und implementiert diese exemplarisch in einem Pilotsystem. Zu den Problemkreisen gehören u.a.

die Kategorisierung von Annotationen
die Zugangs-, Persönlichkeits- und Anerkennungsrechte von annotierenden Wissenschaftlern
die Qualitäts- bzw. Nutzbarkeitskontrolle
die Referenzierung und Verlinkung von Annotationen
die Konzeption eines die Annotation fördernden benutzerfreundlichen Systems
die Rückkoppelung zu den verteilten Datenbereitstellern
die potentielle Nutzung des System in laufenden Forschungsvorhaben zur Ausfilterung von nutzbaren Daten aus dem Gesamtsystem
und generell die Integration des Datenzugriff auf Annotationsdaten in das Gesamtsystem von GBIF, BioCASe und GBIF-Deutschland.

DNA-Bank-Netzwerk

Ein erleichterter Zugang zu gut dokumentierten genetischen Ressourcen für die Biodiversitätsforschung ist das Hauptziel des DNA-Bank-Netzwerkes (www.dnabank-network.org). Über ein gemeinsames Webportal machen die Partner-DNA-Banken des Netzwerkes dabei ihre DNA-Proben online verfügbar und Wissenschaftler können Beleg-referenzierte DNA suchen und bestellen.
Molekulare Sequenzdaten werden in Datenbanken wie GenBank, EMBL oder BOLD in der Regel nur unter Angabe des wissenschaftlichen Namens des untersuchten Organismus publiziert. Ein leichter Zugang zu den untersuchten Belegorganismen bildet dabei die einzige verlässliche Möglichkeit, die korrekte Artzugehörigkeit der Sequenzendaten zu überprüfen. Im Gegensatz zur Hinterlegung von Belegen bei taxonomischen Publikationen ist eine vergleichbare Sorgfalt bei molekularen Analysen aber eher die Ausnahme als die Regel.
Basierend auf dem Konzept und der Software von GBIF und BioCASe bietet das DNA-Bank-Netzwerk jetzt die einzigartige Möglichkeit sowohl die Belegorganismen von molekularen Untersuchungen umfassend einschließlich einer hochauflösenden Abbildung zu dokumentieren und entsprechende DNA-Proben mit den Daten des Belegorganismus dynamisch zu referenzieren. Dabei wurden für die vorhandene Software ergänzende Komponenten entwickelt (DNA Modul, ABCDDNA), um die DNA-spezifische Daten verwalten und online verfügbar machen zu können.
Im DNA-Bank-Netzwerk haben sich zunächst vier deutsche Forschungssammlungen mit sich ergänzender Expertise zusammengeschlossen, Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem (BGMB), Zoologische Staatssammlung München (ZSM), Zoologisches Forschungsinstitut und Museum Alexander König Bonn (ZFMK) und Deutsche Sammlung für Mikroorganismen und Zellkulturen Braunschweig (DSMZ). Das Netzwerk wird derzeit durch die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) gefördert und wird in Zukunft durch die Partnersammlungen entwickelt und unterhalten.

Projektkoordination und Verbundpartner siehe Homepage

EDAPHOBASE GBIF-Informationssystem Bodenzoologie

Vorhandene Datensammlungen und Datenbanken zu Bodenorganismen werden aus verschiedenen an diesem Thema forschenden Einrichtungen zusammengeführt. Ihre Verknüpfung untereinander und mit Zusatzinformationen wird im "Informationssystem Bodentiere" erfolgen, das folgende Kernziele hat:

(i) Zusammenführung sammlungsbezogener Daten verschiedener Forschungseinrichtungen aus einer Vielzahl taxonomischer Gruppen und trophischer Ebenen; (ii) Verknüpfung von in der Literaturdaten zu Lebensraumansprüchen und Verbreitung verschiedener Arten mit einem Schwerpunkt auf Deutschland und Europa; Schaffung von Recherchetools zur Nutzung und Auswertung der Daten für komplexere ökologische und biogeographische Fragestellungen; (iv) Erstellung der Datengrundlagen für die Entwicklung von Prognosetools zu Veränderungen von Boden-Biozönosen und (v) zur Abschätzung und zum Schutz der Funktionalität von Böden sowie (vi) Generierung und Einbindung von weiteren Partnern aus dem In- und Ausland in den Datenverbund.

Der Fokus wird zuerst auf den funktionell wichtigsten Gruppen der Bodentiere liegen, wobei möglichst viele ökologische Daten derjenigen Taxa einbezogen werden, von denen sammlungsbasierte und literaturbezogene Daten vorliegen (bodenlebende Wirbellose).

Projektkoordination und Verbundpartner siehe Homepage

DiversityMobile – IBF

Einen dauerhaften Datenfluss für biologische Daten aus der Feldforschung aufzubauen ist das Ziel des IBF-Projektes. Die Daten werden mittels Smartphones mit GPS-Funktionalität und der Option der digitalen Bild-, Film- und Tonaufnahme im Gelände erhoben. Es wird ein Client zur Datenerhebung auf mobiler Plattform (DiversityMobile) und eine Schnittstelle zum bidirektionalen Datentransfer (Synchronisation) vom und zum Primärdatenrepositorium in München entwickelt. Die neuen Ansätze zur Datenerhebung umfassen die Prozessierung von Einzel-Beobachtungen wie auch multirelationaler ökologischer Beziehungen und erlauben die Einbindung anwenderspezifischer Deskriptoren, taxonomischer Namensbestände sowie topographischer Kartenausschnitte.

Ausgehend von den Diversity Workbench-Applikationen am Repositorium (SNSB IT-Zentrum) werden Schnittstellen für den Datenaustausch mit externen Datenbanken geschaffen und die Daten an GBIF International und andere Internetportale angebunden (siehe IBF-Daten bei GBIF). Der komplette Datenfluss wird inhaltlich zusammen mit zwei Forschergruppen aus der Ökologie konzeptioniert, etabliert und soll langfristig durch die beteiligte Infrastruktureinrichtung aufrechterhalten werden.

Das Projekt wird derzeit unter dem Titel “Aufbau eines Informationsnetzes für biologische Forschungsdaten von der Erhebung im Feld bis zur nachhaltigen Sicherung in einem Primärdatenrepositorium – IBF“ durch die Deutsche Forschungsgemeinschaft, Bereich Wissenschaftliche Literaturversorgungs- und Informationssysteme (DFG – LIS) gefördert.

Projektkoordination und Verbundpartner siehe Homepage

12.12.2011